Thực vật trong phong thủy cũng chia theo âm dương và ngũ hành. Dương tính là những cây cần nhiều ánh sáng. Khi trồng ở nơi ẩm thấp, thiếu ánh sáng, chúng sẽ phát triển yếu ớt, khó ra hoa kết trái và dễ chết, chẳng hạn như hoa hồng, hoa cúc, thược dược, đỗ quyên¸ mai…

Âm tính là những cây có thể đặt ở trong nhà hay bóng râm.
Việc phân loại thảo mộc theo ngũ hành chủ yếu căn cứ vào màu sắc. Những cây thuộc hành Thủy phần lớn có màu xanh lá thẫm như tùng, bách, bồ đào… Cây thuộc hành Hỏa có sắc đỏ như thạch lựu, mộc miên, hồng thảo, hồng thiết… Đối với sức khỏe, chúng có tác dụng bổ tâm và làm dịu thần kinh. 

Những cây thuộc hành Kim chủ yếu có lá, hoa hay thân màu trắng như bạch lan, bạch thủy tiên, cửu ly hương…, có tác dụng điều hòa chức năng tạng phế. Hành Mộc gồm những loài cây có màu xanh lục, giúp điều hòa tạng can (gan). Những cây thuộc hành Thổ có sắc vàng, lợi cho tạng tỳ. 

Cây thuộc hành Thủy nên trồng ở phía Tây ngôi nhà (Tây thuộc hành Kim, hành Kim sinh hành Thủy), cây hành Hỏa thì trồng ở phía Đông (phía Đông, hành Mộc sinh hành Hỏa)… 

Cũng xuất phát từ quan hệ sinh khắc của ngũ hành, đối với vị trí trồng của một số loài cây, các nhà phong thủy còn đưa ra một số lời khuyên cụ thể. Ví dụ: Cây đào nên trồng ở phía Đông ngôi nhà, phía Nam thì nên trồng mai và táo, phía Bắc nên trồng hạnh và lê… 

Với cây cảnh bày trong nhà, nên căn cứ vào không gian lớn hay nhỏ mà sắp xếp sao cho ngăn nắp. Nếu phòng hẹp, trần thấp mà bày cây cao, to là không không hợp lý. Ngược lại, phòng rộng lớn mà bày chậu cây cảnh nhỏ bé thì cũng không gây được sự chú ý, mặc dù bản thân nó lại là loại cây đẹp, cây quý. 

Thông thường, các màu đỏ, cam, tím và vàng là màu ấm, biểu hiện nhiệt tình ấm áp. Các màu xanh biển, xanh lục và trắng là những gam màu lạnh, biểu thị sự yên tĩnh. Nếu phòng có màu nóng thì cây cảnh nên có màu lạnh và ngược lại. 

Cũng nên tùy theo mùa mà sự sắp xếp nên thay đổi, chẳng hạn mùa xuân thì màu sắc tươi tắn, màu hạ thì màu thanh, đạm, mùa thu thì dùng màu hồng, mùa đông thì dùng màu xanh.